物理科考题设计新颖，题目结合了2024年诺贝尔物理奖得主研究的人工智慧与脑神经网络，还有1963年诺贝尔生理医学奖的神经细胞膜传讯机制，测验考生对基础科学知识与阅读理解的掌握度。此外，命题也涵盖必修课程与国中基础概念，整体难度属于中偏难，强调科学探究与跨领域整合。
化学科则著重在混合题型与素养题型的设计，难度较去年略为简单，预估考生成绩可能上升。考题内容与生活紧密结合，如光触媒应用、啤酒的苦度单位（IBU），同时也结合物理概念，出现跨科命题。例如，关于奈米光触媒的题目不仅要求化学知识，还涉及数据分析与图表判读，展现化学探究与实作精神。
生物科考题难度比去年提升，跨科整合题数增加。例如，与地球科学结合的题目涉及圣婴、反圣婴现象与海洋生态，符合SDGs永续发展目标。此外，生物科还融入2024年诺贝尔生医奖相关内容，题型设计强调高阶思考与资料判读能力，考生需要透过图表分析来回答问题，整体而言挑战性十足。
地球科学科则结合时事与防灾议题，像是康芮台风的路径与预测进入考题，还有圣婴现象对叶绿素浓度的影响等，突显自然环境与人类活动的连结。考题还设计了情境化命题，让考生从真实场景中分析台风可能带来的影响，考验学生的判断力与探究能力，整体难度与去年相当。
全教总评价，今年自然科考题紧扣时事、跨科整合，从比特币、康芮台风到诺贝尔奖的科学突破，题型多元、内容丰富。然而，不少考生反映题目内容繁琐，需要花费大量时间阅读和理解，导致来不及检查答案。整体而言，今年自然科考题充分展现素养导向命题精神，考验学生的多面向思考与应用能力。
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