赖清德出席2025健康台湾全国论坛，提到健保制度的财务问题，他表示行政院长卓荣泰这次提出的特别预算，其中劳健保补助新台币300亿元；特别预算是用岁计賸余挹注劳健保并非举债；至于碳费收入或其他费用收入是否挹注健保，则可以再考虑。
他抛出「有没有可能当这些制度到某一种程度，要走出最后一步？」，各区自己管理收到的经费，好比南区收到的总额，就由南区自行负责，不必交由健保署、再让健保署核定，应该要让各区管理。
若公共卫生、健康促进做得好，民众就医次数少了，经费还是属于这区，不会保留在健保署，有助推动以人为本的健保医疗服务。
