林保署指出，11日召开地震之预警与发布机制研商会议，于超越震度基准时，立即由县府消防局发送细胞广播简讯予民众；15日行政院政务会议马太鞍溪堰塞湖应处报告案，向院长简报说明完整因应作为及成果；17日花莲县政府召开疏散撤离专案小组分工会议，确认由县农业处主政、相关局处配合办理。
之后19日农业部专案小组召开第二次会议，并依据专家建议，请花莲县政府进行警戒区疏散作业；20日中央灾害应变中心会议，因气象预报雨量可能达600毫米，依据专家建议，扩大疏散范围，并请花莲县府进行疏散作业。
直到21日上午11时，林保署发布黄色警戒与细胞广播简讯，提醒民众依据政府指示采取避难措施；22日7时发布红色警戒，并于7:00、09:00、12:30分别发布细胞广播简讯，提醒民众依据政府指示采取避难措施。
溢流当天0时起，林保署共发布七次红色警戒通报单予花莲县府，并于6时发布细胞广播简讯，提醒民众采取避难措施；14:50堰塞湖溢流后，于15:00、16:30再度发布细胞广播简讯，提醒民众尽速避难。
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