地球公民基金会、台湾气候行动网络研究中心、环境权保障基金会、绿色公民行动联盟等环团表示，台积电应订定逐年减碳目标，优先采购在地再生能源，P3~P5 厂开发面积约 60.22公顷，营运期间每年温室气体排放量预计达 507 万吨二氧化碳当量（CO2e），经减缓后降至 233 万吨。其中，87.5%（约 204 万吨 CO2e）来自能源间接排放，显示台积电碳排主要源于用电。
环团肯定台积电订下 2030 年 60% 再生能源的目标，但根据说明书，目前仅承诺「自量产后，每年取得实际用电量 25% 的再生能源」，依预计期程P3厂将2026年营运，而P4、P5厂则为2027年营运，这意味著 2029 至 2030 年间，需在一年内急速增加 35%（约19.3亿度电）的再生能源，以达成60%目标，如此急遽的增幅令人担忧其可行性。
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环团要求台积电应依 RE100 承诺，于 2040 年达成 100% 再生能源，并制定逐年提升的用电规划，确保稳定转型，而非临时补足。此外，开发单位应优先采购高雄地区绿电，以促进在地供应链发展，减少外购电力与输电损耗，使减碳真正落实。
环团要求，市府应兑现历届市长生态公园承诺，明确规划入园区范围，本案环评书显示规划绿地面积为 19.67 公顷，却未列为公园用地。楠梓产业园区 P1、P2 厂，两者合计 29.83 公顷，其中约 6.54 公顷（占 21.99%）列为公园用地。
早在 2014 年陈菊前市长便承诺，中油五轻迁移后，将于该地设立生态公园；陈其迈市长亦向市民许诺，将从都会公园串联至半屏山、莲池潭、洲仔湿地，最终连接柴山自然公园与爱河口，打造一条连续的都市生态绿廊。本案开发计划中生态公园是否仍在规划内？预计占地面积为何？政府与开发单位应兑现承诺，给高雄市民一座能从后劲社区一路步行至半屏山的生态公园。
环团主张，特工空气品质监测站之设置应优于法规，争取五站以保护脆弱族群，开发案邻近工业区密集，高污染季节下风处楠梓区及仁武区更是人口稠密。依说明书资料，受影响地区有多间学校及医院，如福山国小、福山国中、荣总等敏感受体，有必要以高标准加强空污监测。
依环评初审会审查意见处理说明，楠梓产业园区正在办理特殊性工业区测站设置计划书送审作业，依《特殊性工业区缓冲地带及空气品质监测设施设置标准》第12条第2项规定，应设置至少4座「特工空气品质监测站」。建议本案应优于法规要求，设5座「特工空气品质监测站」，以强化监测。
环团认为，空污抵换对地方减污效果有限，开发单位应提出实质减量策略，高雄长年面临空气污染之环境负荷问题，本开发案增加之空气污染，包括氮氧化物63吨/年，挥发性有机化合物（VOCs）90.57吨/年，酸性及特殊性废气、碱性废气等共57.6吨/年，呼吁开发单位应力求污染实质减量为优先。至于空污抵换手段，则需考量开发行为周边之污染源进行优先减量，以减缓开发区域空气品质之影响。
另开发单位提出施工期间产生粒状物及氮氧化物之污染，将与高屏农会合作以益菌肥抵换，如高屏使用的农田面积小于1,000公顷，则建议开发单位可评估与嘉义或台南合作，从高雄上风处减少污染。
环团要求，整体开发尽速提送环境部环境影响评估，5座厂区之环境影响应进行累进计算整体评估，国发会早已陈报「南部科学园区扩建高雄第三园区（楠梓园区）筹设计划」案，显见整体开发已成既定事实，南科管理局应尽速就整体开发范围，提送环境部进行环境影响评估，以确认整体开发之环境及社会影响，而非不断就小范围切割送地方环评。
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