《烟害防制法》修正后，加热烟的主管机关明确定为国健署，关于海关协助暂存查扣的货品，等地方政府卫生局完成调查后，代为销毁，经过关务署与国健署两边会议研商后，决议海关不代为销毁。
也就是说，3月新制上路至5月底，海关查扣2万6713条加热烟，须由国健署自行处理。
至于民众误解个人要花200万元才能领回走私入境的加热烟，根据《烟害防制法》，可申请加热烟进口的是业者(跨国烟草公司)，并非个人。
海关自2017年至今已查扣约1700万支加热烟。修法之前查扣的加热烟为违法商品，海关可自行销毁。
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