行政院「云嘉南灾后复原前进指挥所」设在新营区民治市政中心，赖清德前来听取复原进度报告，中央、南市府相关部会单位及区公所都出席，赖清德致词时，对于嘉南地区停电10多天、通讯也受到影响的民众致歉，他指出丹娜丝台风路径罕见，是120年来第一次，与过往完全不同，云嘉南首当其冲，引进的西南气流已超过莫拉克台风（88风灾）雨量，对嘉南高屏造成严重打击。
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赖清德提到，中央针对这次罕见灾害，提出特别方案协助救灾，包括农业损采取「全品项、免勘查」，可直接申请天然灾害现金救助，另外贷款利息全免，由中央补贴一年，而如渔筏、温室、畜舍等农业设施补助提高5到8成，并要求市府在农业灾损补助一定要以「从优、从速、从简、从宽」原则办理。
赖清德表示，这次罕见的有4万多户屋顶被强风刮走，台南17个行政区内就占了3万多户，因此行政院第一时间决定发放屋损慰助金，总统府、行政院也河南市府合作，将各地施作公共工程的工班，在不影响公共安全下移转，帮助灾民重建，也感谢各单位分配认养嘉义、台南灾区。
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