行政院发言人李慧芝11日表示，这是立法院第三次未邀请行政院卓荣泰院长说明复议案即做出表决，再次破坏宪政惯例。
李慧芝指出，依照去年行政院与朝野各党团所形成的共识，立法院如果通过大幅增加政府岁出预算的法案前，应该要依照宪法第70条的精神、预算法第91条以及财政纪律法第5条规定，立法院须先指名预算来源、征询行政院意见并协调可行性财源；不过此次修正「警察人员人事条例」大幅增加中央政府财政负担，不仅未与行政院商议，也让警消人员与一般公务人员之间形成不公平的现象、中央与地方经费负担也不公平、以及法规适用人员属性混淆的现象。
而对于覆议遭否决的结果，李慧芝表示，行政院在接获立法院正式通知后，将就所搜集的相关资讯，进一步征询学者专家意见，综合审慎评估下一步的作为。
