国防指出，依国防部组织法规定于适当地区设军事法院、军事检察署，并依《国防部各级军事法院组织准则》运作，为提升机关独立性，将另研订《军事法院组织法》、《军事检察署组织法》，厘清外界借由机关调整干预侦审的疑虑。
国防部说明，此次修法亦将参考现行《法官法》制度精神研订制定《军法官人事条例》，让军法官任免、迁调及评鉴、淘汰等，有别于一般军人人事制度，以确保公正独立。
国防部强调，军法案件涉及军事专业特殊性，担任军事院检军法官具备一定部队服役经验或资历，才能正确掌握军法案件之特性，未来将律定军法官须具备一定部队服务资历，始得参加甄选。
国防进一步指出，国防部将在符合公平审判原则、正当法律程序的前提下，通盘检讨修正军事审判法，研议采行全面强制辩护、废除阶级管辖等，另有关事实审及法律审之救济、审级制度设计，将征询司法机关、专家学者意见妥适规划，并与社会妥善沟通，争取国人支持。
国防部表示，过往军事审判在我国曾有一段不被人民信任的历史，社会各界对军事审判采阶级管辖、欠缺独立性等仍有诸多疑虑，国防部虚心接受。
国防部强调，此次修法将全盘检讨调整，确保未来「重新开机」的军事审判制度，必须符合公平审判原则、正当法律程序之宪法要求，周延兼顾人权保障与军队纪律，强化国家安全。
国防部指出，自2013年军事审判法修法后，军法案件于同年8月起分两阶段全面移由司法机关办理，仅余战时审判军人犯罪的功能。改制后的11年间，国防部透过内部训练，借调军法官至检察署担任检察事务官等方式，希望保存战时审判之运作种能，但效果非常有限。
国防部说，经通盘检讨，维持一个平时正常运作的军法系统始可落实军事审判平战转换运作顺遂，方能发挥严肃军纪、保障人权的功能。
