立法院三读通过《行政院组织法》第三条修正案，确定行政院本次组织大改造。在内政部方面，营建署业务调整，将全国建筑、国土规划及都市发展等业务移入「国土 管理署」，国家公园管理业务移入「国家公园署」；消防署由原机关改制；又配 合兵役政策调整，不再设置役政署，其业务纳入内政部本部。
而农业部方面，农委会原有业务将整并至农业部，如林务局整并国军退除役官兵辅导委员会荣民森林保育事业管理处，改制 为「林业及自然保育署」；其余 14 个三级机关均由原机关改制。
在经济部方面，因应商业型态推陈出新及相关辅导需求增加，新设「商业发展署」；现 行矿务局及中央地质调查所整并为「矿业管理及地质调查中心」；其余 8 个三级 机关均由原机关改制。
交通部部分，为强化观光局及中央气象局政策规划功能，调整改以「署」设置；其余 6 个三级机关（构）均由原机关改制。
在环境部方面，则由现今环保署业务改制，为明确化学物质管理，并强化政策规划功能，将毒物及化学物质局改制 为「化学物质管理署」；因应全球气候变迁达成 2050 净零排放目标，以事权统一 统筹调度废弃物处理设施，及整合环境管理、强化区域环境治理等政策重点，新 设「气候变迁署」、「资源循环署」、「环境管理署」；现行环境检验所及环境 保护人员训练所整并为「国家环境研究院」。
最后，原行政院二级机关「原子能委员会」，为提升核安管制机关的独立性和管制效能，改制为独立机关「核能安全委员会」，并纳入所属「放射性物料管理局」业务 ；另「核能研究所」改制为行政法人「国家原子能科技研究院」，以强化研究量 能，及提供核能安全委员会专业性之技术支援。
另外，考试院也提出攸关组织改造的《考试院组织法》修正草案，并获立法院三读通过。
考试院所提出的组织改造重点，为整并考试院及铨叙部具监理功能的相关单位，将本院组织由现行二部二会（考选部、铨叙部、公务人员保障暨培训委员会、公务人员退休抚恤基金监理委员会）的架构，调整为二部一会，公务人员退休抚恤基金监理委员会业务整并至铨叙部，另成立监理司，以统整公务人员个人专户退抚新制相关事权。
此外，通过的新版《考试院组织法》中也明定考试院各职称的官等职及员额，另以编制表定之，以符合准用中央行政机关组织基准法规定的体例。
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