据起诉指出，柯文哲为了角逐2024年总统大选，积极布局且频繁与财团、政商界人士接触，并指示李文宗、李文娟兄妹共创木可公司、众望基金会、新故乡协会，负责管理其政治献金。然而，柯文哲实质上却利用木可公司，借由肖像授权金名目、收受民众政治捐款等方式，不法侵占政治献金达6234万余元。
检方指控，2024年1月13日，柯文哲于总统大选结束后，经邱复生提议合作经营网媒，并谈妥由柯出资100万元，作为创业投资。同年4、5间，柯先是和李文宗讨论网媒的营利与投资，随后指示李文娟与邱指定的联络窗口联系，并由李文宗先就国际电影公司背景进行调查，却发现该公司有亏损、营运不佳且属于个人公司等情况。
柯文哲在得知国际电影公司的营运状况后，仍令李文娟自政治献金专户賸余款中，汇款100万元至国际电影公司帐户，李再指示不知情的木可公司财务人员何瑷廷进行汇款，以此方式侵占政治献金賸余款100万元。
面对检方指控，柯文哲于出庭时数度提到邱复生及该笔100万元，包括去年起诉移审北院时曾称「投资」，表示过去曾和邱讨论利用媒体做党的广告文宣，并强调款项未超出选举賸余款使用范围；今年9月，柯则称之为「顾问费」，更斥责检方不能因简讯中写到「创投」2字，就说这是投资，仅抓住1、2字便扩大解释。
柯文哲也曾直言，若找邱复生做网站算公益侵占「后面开庭会很搞笑」，也称「邱复生如果要做创投的话，至少要1亿，他是媒体的大咖，怎么会100万在做创投呢？」对此，李文宗则曾表示，他只是被咨询的对象，并不清楚后续有无采取行动，更没有经手出金100万元。
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