起诉书指出，被告明良臻于犯后毫无悔意，矢口否认犯行，态度不佳，且刻意删除通讯软体LINE内之相关对话纪錄，并试图将责任推诿于下属公务员，卸责逃避，建请从重量刑，以端正吏治、遏止濫权、维护民权。而户政事务所主任钟威霆，与副处长暨花莲县选委会总干事吴俊毅二人，畏于长官之权势，未敢公然违抗，并不具实际决策之主导权，相比较为轻微，建请依法量处适当之刑。
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检方认为，被告明良臻、吴俊毅及钟威霆身为公务机关首长及副首长，本应恪遵法令，保护民众个人资料及妥适行使国家所赋予公权力，却罔顾法律规范及选举权责机关指示，擅自利用职务上权力，指示所属公务员从事法定职务必要范围外，并与搜集之特定目的无关之不法行为，显已严重侵害系争罢免案提议人之资讯自主权，损及社会大众对公部门保护个资义务之信赖，且进一步破坏公务机关行政中立之基本要求，对于国家民主法治业已造成实质且严重之危害。
检方调查，被告明良臻在今年2月3日透过吴俊毅邀集花蓮县各户政事务所主任共13名，无视公务员当场提示提议人名册签章真伪查对工作，属花蓮选委会权责，虚以签章查对工作有时间压力、人力缺乏、经费不足为由，指示花蓮县各户政事务所主任，必须对系争罢免案提议人名册签章真伪进行实地严格查访，执意要求各户政事务所主任强力执行。
检方调查，明良臻为使各户政事务所配合执行实地查访，除指示民政处下属拨打电话给花蓮县各户政事务所主任要求回报实地查访进度，还亲自到户政事务所下指示；并在2月5日以通讯软体LINE电话指示事务所主任尽速进行实地查访，要求复印罢免案提议人名册影本，其会择日亲取，并打电话催促花莲户政执行。
检方认为，罢免案提议人对于其等所签署之提议人名册，本可合理期待公务机关对于该等资料利用，应于执行法定职务必要范围内为之，并与搜集之特定目的相符，明良臻等3人竟共同意图损害他人有关罢免案提议成立与否及罢免案提议人资讯自主权之利益，基于公务员假借职务上之权力，违法利用个人资料，依违反个人资料保护法第16条之规定，而犯同法第44条、第41条之公务员假借职务上之权力，违法利用个人资料罪嫌，均提起公诉。
罢免傅崐萁的公民团体今年2月3日送二千多份的罢免一阶段提议书到中选会，但在5日就有民众遇到花莲户政事务所的公务员登门访查，询问是否亲自签署提议书，遭民众质疑登门查水表，检方接获检举后展开侦办，由于依据查对规定，户政人员仅需在电脑系统上查对户籍及身分资料正确与否即可，不需要把提议书带出门查对。
花莲民政处长明良臻涉嫌违反个资法，在引发争议后，删除手机相关讯息，因有湮灭证据、串证之举，且担任处长对相关共犯、证人具影响力，且具有资讯掌握优势，3月28日被法院裁定羁押至今。
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