判决指出，外交部驻旧金山办事处依据《护照条例》规定处理，并无不当，而且外交部已告知彭文正，如果想回国，可向驻外外馆、处申请专供返国使用的旅行文件，依此方式申办入国证明书等旅行文件，就可以回台湾，相关处分并无侵害彭男返国的基本权利。
另外，针对彭文正主张通缉不合法，台北高等行政法院认为，台北地院刑事庭以彭男有逃亡或藏匿事实发布通缉，是行使刑事审判权限，至于通缉是否合法，并非外交部有权审查的事项，外交部只是依法注销、扣留他的护照，而通缉是否合法，也不是行政法院在本案能够审究的。
基于上述理由，台北高等行政法院认为彭文正提告要求外交部返还护照、赔偿他的损失，均于法无据，因此今判彭男败诉。可上诉。
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