苏怡宁创立禾馨诊所及慧智基因公司，摇身成为身价逾10亿元的企业家，但却风波不断，先前才被父亲告遗弃母亲，虽然获不起诉，但一波未平一波又起，他的亲妹妹又告发他涉嫌逃漏税。
苏怡宁的妹妹指控，苏怡宁在2005年2006年间，担任讯联生技公司技术顾问，却向讯联谎称她是公司技术团队成员，由讯联开立技术顾问费的扣缴凭单给她，但她明明旅居美国并没有在台湾工作，也没提供劳务，认为苏怡宁拿她充当人头来逃漏税。
检察官首次调查认为证据不足，将苏怡宁不起诉，但高检署发回重查后，检察官这回调查认定，苏怡宁在2004年底，为了推广脊髓性肌肉萎缩症基因带原检测技术(SMA检测技术)，和讯联生技公司签约，约定由苏将SMA技术移转给讯联，苏怡宁并担任顾问，协助讯联建立标准筛检流程，协助培训技术人员，讯联并支付顾问费给苏怡宁。
但苏怡宁却未经胞弟和胞妹同意，取得2人证件资料，向讯联谎称2人是他的研究团队成员，利用2人名义领取顾问费，还要对方将费用以现金支付给他，借此逃漏税。
此外，苏怡宁2006年另指示妻子陈君蕙在香港成立公司，再于2006年作不实的SMA检测专利授权证明，谎称技术移转给妻子香港的公司，借此要求讯联和妻子的公司重新签订合约，向讯联收取顾问费，并将款项汇到妻子香港公司的帐户，借此逃漏税。
2009年间，苏怡宁夫妻再于台湾成立群安生技公司，并找讯联前罗姓员工挂名负责人，再声称SMA检测技术已技术移转给群安公司，要求讯联将顾问费汇到群安公司，再度逃漏2011、2012年度的个人综所税。
检察官调查认定苏怡宁从2006年度到2012年度共隐匿收入6437万元，共计7度逃漏税2877万元，今将他和妻子起诉。
至于苏怡宁被控2005年逃漏税的部分，因为适用修正前《刑法》的追诉权时效规定，追诉权时效为10年，因此2005年的部分就算涉及不法，但犯罪完成时间为2016年5月31日，由于追诉权时效已完成，因此仍处分不起诉。
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