花莲慈济医院、门诺医院、部立花莲医院与北荣玉里分院，在灾后第一时间就设立临时救护站，协助灾民医疗需求。陈相国理事长表示，医护展现「人溺己溺」的精神令人感动，因此致赠每家医院10万元慰问金，感谢他们的辛劳。
不只大型医院，位在重灾区的柏仁诊所、叶日升诊所、林梓钦诊所及光复乡卫生所，也因泥流灌入导致服务中断，医疗量能大受影响。陈相国理事长除表达慰问，也针对诊所最迫切的需求给予协助，每家诊所提供5万元慰问金，并加码捐赠5万元等值电脑设备给光复乡卫生所，协助尽快恢复医疗服务。
陈理事长指出，天灾发生时，救人与医疗最为紧急。他形容现场犹如战场，但也见证了各地志工自发投入清淤的感人一幕。医师公会全联会率先捐出100万元抛砖引玉，并呼吁各县市医师公会与医疗相关团体踊跃捐款至卫福部「0923灾害募款专案」专户，让台湾展现出人性光辉与同胞大爱。
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