庙方指出，「五门式大牌楼」自民国71年（1982年）由匠师王锦木监造，选用珍贵台湾红桧，依古法「六柱五间、二通三瓜」工艺搭建，为台湾罕见的巨型木构建筑，长年以来为进香信众重要地标，如今因为丹娜丝强风毁损，实为莫大损失。
「台湾宗教百景」网页也介绍，南鲲鯓代天府的牌楼，属亚洲地区最大的「五门式木作大牌楼」，全部使用实木接榫建造，12根大木柱取自台湾已禁砍伐的一整棵千年红桧木，直径约81公分、高14公尺。
庙方表示，原本的桧木牌楼结构物会先经整理后收藏于适当地点，未来再评估是否重建，若重建则会考虑改用钢筋水泥材质。此外，现已紧急封锁灾损区域，启动清淤与修复工程，并号召工作人员、志工、进香团协力协助整理修复，「愿五府千岁庇佑大家风雨平安、重建顺利，我们会全力以赴，早日恢复南鲲鯓代天府原貌」。
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