李光申遭《镜周刊》爆料指出，在担任台北市立联合医院副总院长时期认识女助理小珮（化名），李光申隐瞒已婚身份和小珮交往，期间许诺尽快离婚、未来有望成立生技公司「钱途」大好，甚至安排小珮进阳明交大念EMBA，成为自己的学生。
小珮更称不伦恋期间，自己薪水是国家支付，出游用餐是EMBA富学生买单，更会趁著药商研讨会之便2人一同到五星级饭店过夜，但当小珮提分手时，李光申称自己有「特殊体质」，也声称和黑白两道很熟、对其进行施压，也将2人不伦恋状况告诉小珮家人，2人不欢而散，小珮也忍受不了愤而向周刊爆料。
对此，阳明交通大学表示，该校临床医学研究所教授李光申在民国109年就借调到中国附医，学校部分已没有服务。早上校方已有看到周刊相关报导，校内性平会也已经立案，后续会持续调查
阳明交大表示，对于校内性别事件相当重视，无论是老师、或是学生，都呼吁要尊重相关议题。
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