卫生福利部设有预防接种受害救济基金，并订有「预防接种受害救济基金征收及审议办法」(下称审议办法)，规定疫苗制造及输入厂商于食品药物管理署核发疫苗检验合格证明、检验或书面审查报告书后，缴纳一定金额充作该项基金。
自2013年1月1日起，每一人剂疫苗之征收金额为1.5元。由于2021年起国内开始大规模施行COVID-19疫苗接种作业，COVID-19疫苗的预防接种受害救济申请案件骤增，救济补偿核发及相关处理支出大幅成长，该基金总额在2023年9月已低于审议办法第3条第1项所订之下限新台币1亿5,000万元。
因此，中央主管机关依同项规定，得依基金收支运用情形调整疫苗征收金额。卫生福利部经评估各项疫苗的征收金缴纳与救济给付状况后，考量2021年至2023年间仅COVID-19疫苗及卡介苗之救济给付总金额超过该疫苗于同时期之总征收金额，因此于2023年12月29日修正发布审议办法第3条。
疾管署统计，2021至2023年新冠疫苗征收金1.2亿多元，救济给付1.7亿多元；卡介苗征收金207万多元，救济给付396万多元。
疾管署副署长罗一钧表示，今日起将COVID-19疫苗征收金额调整为每一人剂22元，卡介苗征收金额调整为每一人剂2元，其他疫苗则维持原规定的每一人剂1.5元，以符收支平衡及风险分担原则，维持预防接种受害救济制度运作。
因目前使用中之莫德纳及Novavax COVID-19疫苗均为疾管署专案输入，卡介苗亦为疾管署委托制造，此修正现阶段仅涉及疾管署两基金(疫苗基金、预防接种受害救济基金)之收支分配，不影响国内外疫苗厂商，特此说明。
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