对于出席此活动引发喧然大波，郑丽文解释，她是受政治受难人互助会邀请，出席白色恐怖秋祭慰灵活动，原是为悼念白色恐怖的政治受难人及牺牲者家属，并反思历史、展望和平，并非以吴石等人为主角，往年也不曾以他们为主要祭悼对象，日前收到的邀请资讯当中也未曾提及吴石等人。
郑丽文认为，五〇年代白色恐怖时期，台湾曾有许多人因为政治信仰和意识形态付出代价，然吴石、朱枫等人并不在我们所认定的「政治犯」定义中。望各界聚焦史实，勿模糊焦点。
不过，黄扬明翻出主办单位的采访通知表示，不论活动有没有悼念吴石，或许形式上没有，但采访通知上直接称呼吴石等共谍为「烈士」，亲共立场清晰明白，「郑丽文主席不该装作无辜不知」，他奉劝郑丽文，最近有空应该去一趟忠烈祠。
黄扬明指出，吴石没有被平反，监察院的报告是针对周边人等的审判过程瑕疵，而非针对吴石的共谍行径，甚至直言「国防部保密局破获吴石案，使吴石等人无法再对中共提供严重危害我军战略部署及攸关作战成败的军事资讯，确实有助于台海局势的稳定及国家安全的维护。」吴石等人的后代遗属，也没有补偿、赔偿金可领。吴石的妻子遗属获得补偿是因她遭到不当审判，与吴石本身案情无关。简言之，在中华民国境内，吴石就是板上钉钉的叛徒。
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