国民党团立法院党团今批评，国安会秘书长吴钊变派副秘书长赵怡翔绕过体制乔事情。外交部、国安会各自为政、互扯后腿，放任外交、国安两大系统互斗、互卡。
对此，林佳龙在立院受访驳斥，国安会与外交部合作相当密切，自己也待过国安会，了解国安会的发挥对外交工作很重要。外交部在第一线，特别是驻外馆驻可以发挥总和外交，结合各部会力量，让台湾走向世界，这也需要彼此跨部会合作。
针对日前发文挺林岱桦遭到党内外攻击，国民党桃园市议员凌涛认为，林佳龙是为了换取正国会的林右昌或王义川被提名桃园市长。林佳龙回应，他没有听到凌涛的说法，但凌涛想太多了。
对于媒体问及，政务官不应该介入党内初选。林佳龙表示，政务官对于有志于服务人民的同志，表达对他们的加油。
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