行政院表示，行政院秘书长将由现任总统府副秘书长张惇涵接任，张惇涵从地方到中央政府行政及政务资历完整，对于政府政策熟稔，未来将发挥沟通长才协调鼎鼐。
现任行政院龚明鑫秘书长则将接任经济部长，龚明鑫曾任国发会主委及经济部政务次长，接下来将为国家整体经济策略掌舵，为台湾产业、贸易及经济基础建设确立下一个阶段的根基。
现任侨务委员会阮昭雄副委员长将接任行政院副秘书长，持续与立法院朝野各党团保持畅通的沟通管道，其副委员长职缺将由前新竹市议员李妍慧接任。
为实践赖总统运动及体育政见，推展全民运动、推动竞技运动全民化并打造台湾品牌的国际赛事等政策，运动部将于9月9日成立，并拟由2020年及2024年连两届奥运羽球男子双打金牌得主李洋接任运动部部长。
现任体育署署长郑世忠以及国家运动科学中心执行长黄启煌接任政务次长，现任体育署副署长洪志昌将接任常务次长，期望借由最了解运动及体育竞赛经验的人才，透过运动体育壮大台湾。
国家发展委员会主任委员将由前中华经济研究院院长叶俊显出任，叶俊显长期为政府提供建言，对于国内产业政策非常了解，期盼未来能够持续发挥专业及沟通专才，为政府勾勒政策蓝图。
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卫生福利部将继续实践赖清德总统「健康台湾」的重要政策，未来将由现任中央健康保险署石崇良署长担任部长，并由现任疾病管制署庄人祥署长担任常务次长。
石崇良及庄人祥不仅在过去Covid疫情肆虐全球期间为台湾奠定坚实的防疫基础，也透过记者会方式向国人说明疫情发展状况，期望未来也能够透过专业与对外沟通能力，殷实推动「健康台湾」的政策。
数位发展部则将由现任次长林宜敬接任部长，其职缺将由现任台湾人工智慧学校基金会秘书长侯宜秀律师接任，期望透过两人的专业，擘画未来创新科技、开放资料、开放政府等数位治理议题及相关法律规范。
此外，环境部政务次长将由现任化学物质管理署谢燕儒署长接任；教育部政务次长将由铭传大学电机工程学系刘国伟讲座教授接任；原住民族委员会副主任委员将由前棒球选手陈义信接任。
李慧芝指出，卓院长将于明（28）日行政院院会后，带领内阁团队新成员，向国人报告「AI行动内阁2.0」的新队形。
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