针对近期有立法委员提案修正《台湾地区与大陆地区人民关系条例》(下称「两岸人民关系条例」)第29条，将「禁限制水域」公告，从国防部改由海洋委员会公告。海洋委员会表示，该条文之立法背景系由国防部召集相关单位衡酌两岸分治、军事安全及地缘特性等因素而划设，113年4月26日公听会中，海委会出席代表已陈明若要做变更，将涉及国家安全问题。
《两岸人民关系条例》于81年公布施行，国防部于87年6月22日依两岸条例公告「限制、禁止水域」范围，复于93年6月7日及107年5月25日公告两次公告修正。其中台湾、澎湖、绿岛、兰屿、彭佳屿、小琉球、七星岩及东沙地区之禁止水域范围与我国之领海范围一致，限制水域范围则与我国邻接区范围相同。至于金门、东碇、乌坵、马祖、亮岛、东引、南沙地区之限制、禁止水域范围，则采多边形划法划设之，可以明显看出该法第29条关于禁限制水域的规定，系基于国防安全、国家安全及区域情势的综合考量，且涉国家安全及行政院各机关内部分工。因此，该条文维持现行作法，由国防部负责公告，能确保相关水域管理与防务作业的协调性与一致性。
海委会表示，在去(113)年的「台湾地区及大陆地区人民关系条例第29条修正草案」及国家安全战略法草案」立法公听会上明确表示，若将「禁限制水域」公告，从国防部改由海委会公告，可能涉及国家安全问题，并非如外界所报导的「没有意见」。「禁限制水域之划设公告」非单纯本于海域分区利用划设公告，事涉国安及国防层面考量，自应维持由国防部为之。
海委会始终致力于维护海域秩序与安全，现行规定对于驱离中国大陆越界渔船，执法没有疑义，但禁限制水域涉及国防战略与安全防务，应由具有国防权责的机关进行公告，以确保政策连贯性与执行效益。海委会将与相关机关保持密切合作，共同维护海域安全，以符合国家整体安全利益。
海委会最后呼吁，在涉及国防与国安政策的立法修正过程中，应综合考量各项因素，并确保政策调整不影响国家安全与既有管理体系的运作，维持稳定、有序的海域管理。
