国民党与民众党团提议「通案统删」，内容包括大陆地区旅费、国外旅费及出国训练费、国内旅费、水电费、特别费等，均不得流用；设施养护费、军事装备等统删3%，一般事务费统删10%，媒体政策及宣传费统删60%，还指出若没有达到删除939亿，就必须补足删除至939亿。
行政院长卓荣泰对此批评，立法院审查程序相当混乱与不专业，包括对提案单内容涂改，内容无法清晰辨识；同一笔预算遭重复删减，删减数额超过预算数；以及表决通过后又撤案，这些都创国会之先。
卓荣泰续指，某些提案毫无逻辑可言，例如在野党团宣称，为提升粮食自给率，故冻结农业部农粮署及所属业务费70%；为促进行政院公共工程委员会职能，故冻结其业务费50%；删减外交部「国际合作关怀及加强双边及多边合作」预算4亿元，起因是中国与宏都拉斯建交后，不履行承诺购买宏国白虾；减列国家人权业务超过70%；以及减列法务部检察业务3,000万元。这些删减和冻结的提案毫无逻辑可言，再加上立法院先前表决要求「各项通案删减项目之外，不足额仍要删减到939亿规模」，令人不禁怀疑很多提案都是「为删而删」。
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国防部业务费遭冻结30%，潜舰国造后续预算冻结50%，无人机产业园区预算冻结30%；国防部副部长柏鸿辉对此沉痛表示，这已造成国际看待台湾捍卫自己国家的决心很大的隐忧，希望立院能给「战略型武器」潜舰最大的支持空间，告诉世界台湾有捍卫国家安全的决心。
柏鸿辉表示，这些删冻费用将直接影响油料、弹药、原料件筹备，差旅费被通删又不能流用，也导致新兴战力装备无法接装，直接影响战力，而「影响到我们战力谁最高兴，中国最高兴」。
数发部预算共被删减35.82亿元，比例高达4成。数发部长黄彦男沈重呼吁，许多出国预算被归零，恐导致无法参加国际资安会议，联合国会议也可能进不去。黄彦男表示，数发部许多业务攸关经济发展、资安防护，包括补助资安院、电信技术中心等重要研发单位的费用都遭删除，如今好不容易看到成果，「是不是叫我们举手投降，跟诈骗集团说，我以后没有新的技术防御？」
监察院也被删幅高达96%，包含一般行政、调查巡察、议事业务及国际监察事务预算尽数删除；另人权业务预算亦近乎全数删除，严重危害监察院业务执行，导致监察院无法依据宪法行使职权，影响人民权益、国家安定及国际声誉，势必造成监察院之宪政职责、公职人员财产及政治献金等申报、裁处等业务执行，全面停摆。
监察院秘书长李俊俋表示，。宪政机关应基于权力分立、相互制衡原则，使国家机关顺畅运作，而非以法案扩张权力，或提出政治性报复提案无理删减预算，致国家机关近乎停摆。为维护监察职权正常行使及依据宪法及法律执行各项业务，监察院不排除提出宪法诉讼，表达宪政机关立场。
经济部挹注台电经费1000亿也遭全数减列，台电强调，俄乌战争造成燃料价格上涨，对世界各国均造成冲击。各国政府除调整电价，也同步藉财政预算补助减轻用户负担。近年来我国电价比韩国、法国、英国、德国等国家低廉，燃料成本上涨多由台电吸收，形同补贴民众用电，借此让物价通膨相对温和。立院删除补贴预算，势将影响台电未来稳定民众用电成本的能力；台电也说，若设备无法换新，不只要多花维修保养的人力，也难以改善供电系统的稳定度。
文化部方面，初步估计共删除11亿、冻结34亿，达到文化部史上删冻最高纪录。文化部长李远表示，对外发声的国际频道及通讯社，以及让世界看见台湾的文化黑潮，被全数或大幅删减，形同要让台湾文化在国际噤声；典藏及专业修护台湾作家手稿、画作、摄影、电影作品等的联合库房预算，也被全数删除。文化部试问，「难道台湾艺文工作者不值得一个更好的搜藏环境吗？」
李远也沉痛表示「在无止尽的羞辱后，收下这个处处都是弹孔的预算书。原本以为我们已经抢救回什么，其实，我们拿到的还是一份招降书。」
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