马英九过去曾在2009年清明节前夕，亲自主持中枢遥祭黄帝陵仪式，率领百官齐聚台北忠烈祠遥祭黄帝，一改过去由内政部长代表总统主祭的习惯，当时包括时任行政院长刘兆玄等五院院长和重要官员皆到场。
马英九今参加清明轩辕黄帝公祭典礼，致词时表示，黄帝轩辕氏是中华民族共同的始祖，他过去在台湾曾经六度遥祭黄帝，今天能带著台湾青年学子到陕西来亲自祭祀黄帝陵，个人深感意义重大。
马英九说，1912年3月，孙中山亲自撰写「中华开国五千年，神州轩辕自古传，创造指南车，平定蚩尤乱，世界文明，唯有我先」的著名祭文，并派出代表团祭祀黄帝。1937年清明节，中国国民党与中国共产党一起在黄帝陵，举行共祭中华民族始祖轩辕黄帝仪式，这些都是重要的象征，代表无论是何党派，都共奉黄帝做为我中华民族炎黄子孙共同的始祖。
马英九强调，大部分的台湾人对中华文化与民族认同，都有极其坚定的信念。即使过去台湾曾被日本殖民统治五十年，仍坚持身为黄帝子孙，保有台湾人民族的主体性和尊严。七十年前，也就是台湾光复的第二年，台湾各界耆老林献堂、丘念台、李建兴等组团到大陆祭祖，特别到黄帝陵秉告祖先台湾已经从日本手中光复。这是台湾人在日本统治50年后回归中华民族重要的象征行动，令人感动怀念。
马英九认为，慎终追远、饮水思源，是中华民族建立数千年优良传统的重要根源。更重要的是，『慎终追远』、『源远流长』，既是中华文化的核心价值，也是台湾人民美德的一部分。他这次亲自来到这里，就是希望借此表达台湾人对传统中华文化尊宗敬祖的重视，也让更多人了解民族文化传承的重要性。
马英九最后表示，药用当年在台湾遥祭黄帝的祭文：「和平两岸，双赢共荣；同胞一体，允执厥中。」作为此次亲祭轩辕黄帝陵的注脚，他也希望来自台湾的年轻人，透过这次难得的机会，要更加牢记中华文化与中华民族的根源，以及身为炎黄子孙的骄傲。
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