民进党在本次九合一大选惨败，有部分支持者认为败选原因在于论文抄袭问题；从新竹市前市长林智坚的论文案开始，整场选战的攻防焦点除了在政策论述本身外，还有一部分都聚焦于「学伦问题」。
时任国民党籍台北市议员王鸿薇在选举期间首先踢爆当时参选桃园市长的林智坚，在中华大学科技管理学系研究所的论文涉及抄袭，接著再爆出林智坚台大国发所的论文也有抄袭疑虑，虽林智坚本人极力否认，但是中华大学与台大分别召开学伦审查会议后，两间学校接连认定林的论文都抄袭，先后撤销学位，虽林智坚不认抄袭，但仍因此黯然退选桃园市长，由立委郑运鹏接棒打选战。
代表民进党征战基隆市长的立委蔡适应，其于选举期间，国立台北大学的博士论文被检举抄袭，他不只落选，校方于选后公布审议结果，也认定抄袭，博士学位确定被撤销；但蔡适应对外回应时不认抄袭，坚称论文本文部分「附注漏列」，将会依法提出申诉。
而同样在选前被蓝营踢爆论文抄袭的宜兰县长候选人江聪渊，也同样在落选后，淡江在职专班的论文，被淡江大学学伦会认定内容抄袭属实，多处内容涉及注明出处不当且情节重大，撤销硕士学位。
对此江聪渊发出声明稿表示，尊重审查结果，同时对于造成母校以及爱护、指导的师长遭受无谓的困扰，他再次表达最深的歉意。
此外，代表国民党参选新竹市长的林耕仁，在选举期间遭检举其中华大学与阳明交大的双硕士论文涉及抄袭，中华大学部分在选举期间已确定论文有瑕疵，但未达抄袭程度，仅要求补正资料；而阳明交大的硕士论文涉及抄袭部分，则是认定抄袭与未适当引注。林耕仁则回应，对于学伦会基于学术规范作出的决定，完全尊重并虚心接受，造成外界纷扰深感抱歉。
不过经过这次选举，学伦问题所引发的风波也带动各界省思，副总统赖清德在接任民进党主席时也承诺，将会处理党内学伦问题，究竟学位论文会不会又成为下次选举的攻防焦点，有待观察。
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