邱臣远今受访表示，行政、司法、立法三权分立的原则之下，检调在会期期间进到最高民意机关立法院搜索，对国会兹事体大，游锡堃还有秘书长林志嘉，第一时间说接到函请，依法批示同意，但北检事后打脸说只是电话通知。
宪法增修条文第4条第8项明定，立法委员除现行犯外，在会期中非经立法院许可，不得逮捕或拘禁。邱臣远批评（检调15日搜索）破坏宪政体制，身为国会龙头的院长，应该维及国会尊严，不该破坏宪政体制的惯例，他不希望这样的事情再度发生。
他提到，司法是人民的最后一道防线，要取信人民，办案就要符合比例原则，不要沦政治办案，特定媒体也不该过度渲染、带风向；与此同时，新竹棒球场、台南88枪击、学甲炉渣案等重大案子中，都未见检调有如此大动作的搜索或办案。
邱臣远转而批评执政团队扩大行政权，据传食药署申请项目错误导致台湾糕饼遭封杀，邱臣远说，食药署长吴秀梅态度非常强硬，主管机关第一时间居然是甩锅业者，就连先前的黑心快筛试剂，吴也直接回呛自家的立委林淑芬，邱臣远质疑她后台强硬有人撑。
邱臣远表示，民进党主政之下，行政权扩大、傲慢，司法办案违背比例原则，甚至让民意机关尊严被践踏，三权独立互相尊重的体制荡然无存、失职失能，民众党团要表达沉重的遗憾跟抗议。
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