根据北检起诉内容，柯文哲所涉犯行分为两区块，一部分是涉嫌于台北市长任内收受威京集团总裁沈庆京的贿赂，让京华城改建案得以获取20％的容积奖励；另一部分则是在竞选总统期间，涉嫌透过木可公关公司侵占政治献金，涉犯《贪污治罪条例》图利、违背职务收贿、公益侵占及背信等罪，具体求刑28年6月、褫夺公权10年，并科罚金5千万。
起诉书指出，柯文哲于2014至2018年首任市长期间，即得知沈庆京多度向北市府、市议员、监察院陈情，希望能回复京华城12万284平方公尺的楼地板面积。然而，柯明知京华城案不符都更条件，也明了土地容积率背后所涉利益庞大，仍无视北市府当时正与京华城公司行政诉讼中，裁示将京华城陈情案送入都委会研议。
检方指控，柯文哲在收受由沈庆京指示捐予民众党，以7名人头名义各捐30万元，共计210万元的政治献金「贿款」后，亲自核章决行将京华城案送交都委会审议并进行公告公展，不顾都发局认为恐涉及图利等意见，让京华城得以都更容奖项目获取20%容奖，使其容积率自560%一路暴增至840%，甚至护航鼎越公司加速取得建照。
而在鼎越公司取得建照后，柯文哲受邀出席京华广场动土典礼。检方认定，柯在典礼当天或某日收受沈庆京的1500万元贿款，并将款项交由随行秘书许芷瑜保管，后来再记录于EXCEL档案「工作簿」中，内容写道「日期2022/11/1-姓名小沈-数字1500-公司-用途-经理人沈庆京」，与档案内其他列所载的数字相同，均为金额、单位为万元。
此外，柯文哲为了角逐2024年总统大选，不仅积极布局且频繁与财团、政商界人士接触，还指示成立木可公司、众望基金会、新故乡协会，虽然表面上找来李文宗、李文娟兄妹负责管理金流，却实际掌握包括前述单位及竞选总部的财务状况，并挪用木可公司帐户资金及众望基金会公款，用以支付辅选的员工、竞总和党工薪水。
检方调查，柯文哲也在政治献金专户设立前，先是将其肖像权授予木可公司，随后由竞选总部推出「捐款换小物」活动对外募款，并涉嫌以收取授权费名义，将募得的政治献金转入木可公司帐户，营造正常商业交易假象，借以规避政治献金用途的严格限制，不法侵占政治献金达6234万余元。
同时，柯文哲涉嫌在担任台北市长期间，以私人名义违法收受捐款及民众党政治献金，对象包括李婉钰父亲林志郎、博奕教父陈盈助、会计师范有伟、基隆市长谢国梁母亲、信义房屋创办人周俊吉妻子、东方文华董事长林命群，并将款项记录于EXCEL档案「工作簿」。其中，陈盈助机要邱清章曾证称捐款300万元，检方认定与柯记帐数字相符、帐册内容属实。
不过，对于检察官种种指控，柯文哲始终否认涉有收贿及侵占政治献金情事。柯历次出庭强调，京华城案送进都委会研议后，对于后续发展他一无所知，且本人对于EXCEL档案「工作簿」毫无印象；政治献金部分，柯则主张捐款人出于「欣赏」将钱供其使用，且后续都将钱用适当的地方，至于「捐款换小物」均有开立发票，属于商业活动。
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