三顾公司指控，杨智惠担任公司董事长期间，涉嫌窃取并泄漏三顾公司的内部营业秘密，并跳槽到超基因公司，因此向检调检举并提告，检方因此立案侦办，侦办期间，杨智惠于2023年6月9日自日本返国时，调查局干员直接在松山机场空桥等待杨女下机后带回讯问，当时杨女还指控调查官违法拘提法，向法院声请提审，法官审理后裁定当庭释放杨女。
杨女当时跳槽的超基因公司还声明，该公司早就设置脐带血及干细胞等储存库，握有上游干细胞库，三顾是使用末端已分化完毕的软骨细胞及纤维母细胞，不具分化或再生能力，投资的乐迦再生也没有细胞库，超基因技术远高过他们，没有窃取动机或目的。
检调侦办期间，传出台北市调处前中正站组长刘锦勋在拘提前曾邀约杨智惠吃饭，疑有性骚扰举动，调查局行政调查后拔掉刘的组长职位并调职，但调查局最后认为刘男的性骚扰案不成立。
北检侦办杨智惠等人违反营业秘密案1年多后，根据相关证据及证人证词等证据，认定杨智惠等3人确实窃取并泄露三顾公司的营业秘密，今侦查终结，依妨害电脑使用、背信及违反《营业秘密法》等罪起诉杨智惠及董姓、郑姓等3人。
