南市府表示，台南市山区以楠西、玉井等区域受地震影响较大，目前由区公所清查，根据民众通照，由工务局请结构技师进行勘查，屋损鉴定后再贴出红黄单，目前接获民众通报建物毁损，玉井148件，南化13件、楠西196、白河1件、新化1件、官田3件等共约362件。另请环保局协助清运垃圾，社会局确保物资、餐食及生活必需品即时到位，另外不少住户水关破裂，市府也动员水电志工到场支援等。
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消防局公布的空拍画面可看出楠西街区有多处房屋半倒、墙壁崩塌等情形，市府盘点公家机关灾情，区公所会议室天花板及通风管线断裂、墙面龟裂，楠西国小天花板掉落，墙壁剥落、铁门也变形，目前已放寒假不影响上课，卫生所2楼墙壁受损严重，顾及安全性，人员都在外面搭棚子办公，疫苗则调度回林森办公室。
玉井区部分，有矮房倾倒及大楼梁柱爆裂，均紧急疏散，市府在区公所二楼、玉井国中开设收容中心，玉井国小化育馆因冷气大型风管掉落，评估不宜进入；南化国中小则有水塔倒塌、外墙磁砖掉落、梁柱裂痕等状况，暂时隔离有危险性区域，评估灾损状况再进行后续处理。
市府考量房屋结构安全，若有顾虑会暂时封闭进行补强，重建部分将于春节后处理，行政院长卓荣泰下午将到楠西区、玉井区现勘灾情状况，立法委员陈亭妃则邀集农业部针对山区蜜枣、杨桃震后严重落果勘灾，看是否启动天然灾后救助。
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