检方查出，《沃草》是由米迪公司独资成立，目的是以网路媒体的言论力量，监督国会议员与民意代表、政府官员等政治人物，《沃草》创办初期，因太阳花学运等社运活动，因吸引许多网友关注，成为知名的网媒。
起诉指出，林祖仪自2015年起至2018年间，25度提领或将沃草帐户款项私自汇入其名下帐户，累积侵占1584万余元，又自2018年至2020年间，未经米迪同意，以「薪资转帐」名义汇入他所掌控的的银行帐户内，共侵占156万余元。
检方还查出，2019年间，林祖仪假借「专案开发款、贝壳放大行销、真世代行销顾问」等名义并开立不实发票，将147万余元汇入他私下成立的空壳公司「好滴有限公司」帐户，甚至以沃草子公司「沃草多媒体有限公司」名义，假借委托一家科技公司进行「网站开发、金流百科」专案，将142万元款项侵吞。
检方另查出，林祖仪与助理吴星澄于2017年间涉伪造股东会议事录，向银行申请贷款获贷59万余元，连同沃草该帐户内款项共62万余元，全都转到自己名下帐户；林祖仪还于2020年间，瞒著股东米迪向银行获贷493万余元，经米迪查帐露馅后，将贷款全数清偿，沃草因此损失利息等7万余元。
此外，林祖仪还涉嫌以采购电脑及3C设备名义，动用公款购买电脑、手机赠与吴星澄。
由于林祖仪已将款项归还《沃草》且超过侵占的金额，检方因此依背信、业务侵占、伪造文书等罪起诉林祖仪，而吴星澄仅涉犯伪造文书罪嫌，检方认为她没前科又坦承犯行，并与米迪和解，为来法院审判时仍坦承不讳，将建请法院宣告缓刑。
