海巡人员当时将陈伟斌与9名船员连人带船押返高雄兴达港,陈男向警方供称:「我知道抽砂是非法行为,大陆也禁止抽砂。」但辩称:「还在开船,就碰到执法船了。」、「因船舱里面还有海砂,遇到执法船,我怕被误会,说不清楚,所以就丢掉。」
检方起诉后,陈男向法官认罪说:「我愿意依起诉事实认罪协商,希望早日让我回家。」但后来翻供只承认「卸砂」,否认「抽砂」,辩称被查获的海砂,是从漳州地区出港时就已存放在船舱内,目的是「压舱」保持船体平衡,并非在中华民国专属经济海域内抽取的海砂,是海巡人员误会了。
由于查获的300公吨海砂已回填原本海域,回复生态,法官登船履勘并采集船上各处残留微量海砂,送请台湾大学海洋研究所分析砂源,认定确为澎湖「台湾浅滩」海域的海砂,且认罪协商的船员也供称,船上本来就有压水舱,借由抽取或排出海水,保持航行中船体平衡。
法官认为华益九号无须耗费金钱物力堆放海砂压舱,而且更加耗油,现代船舶为了维持船舶稳定度,降低船舶在水面上高度,避免海象不佳时翻覆,常会汲取海水到船舱内,增加船舶重量压舱,当船舶载重或入港时,再排出压舱水,若使用海砂压舱,因海砂具有「不易扶正性」,容易产生「自由液面效益」,导致船身因海象发生倾斜时,压舱海砂因重力而滑向倾斜的一侧,于船身回正时,压舱海砂不像压舱海水那样易于回正,海砂可能续留在倾斜的一侧,导致违反船体重心原理而造成船舶翻覆。
依据相关事证,最高法院维持历审见解,将船长陈男判刑1年10月定谳。至于这艘总长度126公尺的华益九号,一审判决应没收,但二审认为陈男是「租船」当船长,船主不是他,改判无须没收,此争议引发立法院去年12月三读通过《土石采取法》、《中华民国专属经济海域及大陆礁层法》修法,违法抽砂的抽砂船,无论是否为行为人所有,都可以没收。因此最高法院针对应否没收部分,发回高雄高分院从重新审理。