经深入追查，该枪击案为有组织的犯罪行为，分指挥、共谋及执行3个层级，虽然所有共犯于今年8月上旬开始谋议犯案，制造犯罪断点，但专案小组逐一厘清枪手及犯罪集团架构，先于12月6日将接应枪手孔祥志的李姓共犯拘提到案，并声请羁押获准。
本月14日查获与全案幕后指挥的「红龟」洪政军之好友杨姓共犯到案，并再次拘提曾经以6万元交保的郭姓共犯。台南地院下午4时30分召开羁押庭，法官裁定郭、杨两人羁押禁见。
台南地院表示，郭男供称，他是依照绰号「阿乐」之指示将机车移动位置并擦拭，事前并不知道该机车参与本件枪击恐吓案。但警方事后调阅通联纪录发现，并无阿乐这个人，因此认其有烟灭证据及帮助犯持有枪枝罪，所以法官裁准羁押禁见。
至于杨男部分，全程否认犯行，辩称与洪政军是好友关系，会依要求载其外出。
法官认为本案共犯孔祥志、洪政军均逃匿通缉中，涉及持有枪枝之共犯，涉及藏匿人犯之涉嫌人均未到案，案情仍待查明厘清，而被告有逃亡、勾串共犯证人之虞，因此裁定羁押禁见。
88枪击案枪手孔祥志，因涉嫌违反枪砲弹药刀械管制条例、恐吓罪等，已发布通缉；经查同样在逃的指挥共犯洪政军（绰号「红龟」）因重伤害等案件遭通缉，更涉嫌驱使孔祥志犯下学甲88枪枪击案，警方持续追缉洪、孔等2嫌行踪。
