判决指出，《人团法》定义的「政党」必须是全国性政治团体，且须以「推荐候选人参加公职人员选举」为目的，所以「政党」只是「政治团体」的类别之一，在这个前提下，《政党法》的「政党」概念，不包括《人团法》的「一般性政治团体」。
合议庭认为，《政党法》施行之后，并未排除《人团法》的「一般性政治团体」相关规定，也就是说，现行法律仍然允许人民成立及经营「一般性政治团体」，而「一般性政治团体」成员也受到《宪法》结社自由等保障，且《政党法》并未定义「政治团体」一词，因此《政党法》所称的「政治团体」概念，不等于《人团法》对「政治团体」的定义，若将「一般性政治团体」纳入《政党法》适用范围，将造成《政党法》否定「一般性政治团体」，但《人团法》却又承认「一般性政治团体」的法律矛盾。
另外，合议庭查阅《政党法》相关条文立法理由及资料，认为《政党法》的立法，从来不是要迅速、立即消灭现存已依《人团法》立案的「一般性政治团体」，而是要借由《社会团体法》、《职业团体法》等一系列配套立法，渐进式地将「政党」与「一般性政治团体」分流规范。
因此，在《社会团体法》尚未完成立法，且《人团法》仍未废止或删除有关「一般性政治团体」规定的状况下，如果硬将《政党法》所称「已立案之政治团体」解释为包含「一般性政治团体」，将侵害「一般性政治团体」及成员的结社自由。
台北高等行政法院认为，既然妇联会是「不以参与选举为目的」的一般性政治团体，内政部就不得依《政党法》废止立案、下令办理清算，因此今判决妇联会胜诉。可上诉。
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