民进党今年全面溃败，只能退守北港溪以南，而柯文哲强力支持的黄珊珊也未能如愿当选，柯也在脸书指出，蒋万安先生赢得台北市长的选战，自己已经打电话给他，希望尽快指定双方PM，进行局处对局处的交接，不因为市长的转换使台北市政有所延误。同时也致电陈时中先生，跟他说声辛苦了。
对于黄珊珊落选，柯文哲则说，「仍然感到遗憾」，因为黄有优良的从政经历跟热忱服务的精神，在蓝绿两大党的夹击下，还是能以无党籍身分拿下34.2万票，真的不容易。柯也赞，黄珊珊一路坚持用理性、平和的态度，提出最可行的政策，赢得许多中间选民的心，这更不容易，也代表台北市的第三势力正在壮大。
柯文哲也表示，黄珊珊还非常年轻，相信她的理想、热情不会因一时的败选就消失，相信她会一本初衷，继续为人民服务。而自己8年来的努力跟政绩，没有办法获得市民肯定来继续支持黄珊珊，自己必须反省检讨。
柯文哲指出，台湾就像一个小小的院子，里面有蓝、绿两棵大树，在地上遮天蔽日，地底下盘根错节，其他的植物很难生存。但过去8年，已经在这个院子的一个角落，做一场政治实验，让蓝绿白橘各种颜色都能不分党派在市政府为人民服务。今年虽然无党籍的黄珊珊没有办法顺利当选，仍然希望这种精神与文化可以继续运作下去，不要重回蓝绿恶斗的政治生态。
至于新竹市最终高虹安挺过难关，成为竹市首任女市长，对此柯文哲强调，在新竹市，高拿下了将近十万票，必须要说，这是一场捍卫价值的选举，新竹人民战胜了各种暗黑力量，不让铺天盖地的抹黑，抹去理性、务实、科学、中道的力量。
柯文哲说，要特别感谢我故乡的选民对台湾民众党的支持，让代表台湾民众党参选新竹市长的高虹安，在种种负面攻击下有奥援，让她愈挫愈勇。希望负面选战、选举操弄到此为止，相信高一定会兢兢业业，打造新竹成为全球的科技城市。
最后柯文哲表示，这场选举告诉我们，对于民意一定要心存敬畏，水能载舟、亦能覆舟。他们第一次面对地方基层选举，的确经验不足，但会更加努力、团结，继续深耕地方、认真倾听民意。这次选举不是终点，而是改变的起点，希望台湾变得更好。
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