88岁的教宗于2月14日因支气管炎入院，病情后来恶化为双侧肺炎。对于年轻时曾患胸膜炎并切除部分肺叶的方济各来说，这种病情尤其危险。
罗马吉梅利医院医师塞尔阿尔菲耶里（Sergio Alfieri）向《晚邮报》（Corriere della Sera）表示，在 2月28日的一次呼吸危机中，教宗几乎因呕吐物窒息，「当时真的有他可能无法挺过去的风险。我们必须做出选择，是要在那一刻停止治疗，让他安然离去，还是要继续前行，使用所有可能的药物和治疗方法，即使这样做会大幅提高其他器官受损的风险，最终，我们选择了后者」。
这次病危是他担任教宗 12 年来最严重的一次健康危机，其中包括四次「呼吸危机」，这些严重的咳嗽发作是由气道收缩引起，类似于哮喘发作。
阿尔菲耶里透露，在教宗因呕吐陷入危机后，决定继续治疗的是他的私人护士斯特拉佩蒂（Massimiliano Strappetti），当时护士说：「尽一切努力，不要放弃。」
医师回想：「我们连续数天冒著损害肾脏和骨髓的风险，但我们仍选择继续治疗，最终他的身体对药物产生反应，肺部感染开始缓解。」
教宗出院后须遵照医嘱再休养两个月，以确保完全康复。目前尚不清楚他在接下来几周内会有多少公开露面。
回忆教宗自住院以来首次公开露面、上周日在医院阳台上向信众致意的时刻，阿尔菲耶里表示，那是整个治疗过程中最让他印象深刻的瞬间，「我看到他穿著白色法衣，从吉梅利医院 10 楼的病房走出来，」这位医生说。「那一刻的情感，是看到这位病患再次成为教宗」。
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