水利署表示，港口溪为屏东县政府主管之县管河川，流经垦丁国家公园范围。该地区考量其生态敏感与景观价值，长期采取顺应自然之治理，以低度干预为原则，未采传统工程化整治方式，避免破坏当地自然地形与生态系。相关水文变化与积淹水情形，已由地方政府依灾害应变机制办理处置。
至于牡丹水库排水部分，经查，水库因应降雨所致水位上升，已于7月5日晚间9时启动调节性放流作业。牡丹水库排放水流入四重溪流域，与满州港口溪流域并无汇流或直接关联，媒体报导若将两者相提并论，恐生误解，特此澄清。
水利署提醒，面对极端气候增加带来的局部强降雨风险，署内及所属单位将持续与地方政府保持密切联系，强化监测与预警作业，并就水库调节、河川疏濬与排水改善等工作审慎规划执行，确保整体防洪安全。
根据水利署公布资料显示，截至6日下午3点40分，放水中水库包括：宝山第二水库、鲤鱼潭水库、集集拦河堰、湖山水库、白河水库、德元埤水库、盐水埤水库、阿公店水库、牡丹水库。
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