考量使用便利性，智慧局表示新制将不强制全面发放电子证书，由申请人于请领专利证书或缴纳商标注册费时，择一领取电子或纸本证书，且因应权利人可能仍有纸本形式的证明文件需求，凡选择领取电子证书者，可视需要另行申请核发纸本副本。
申请人于接获智慧局核发证书通知公文后，即可透过指定网址及验证码，于6个月内下载电子证书，或利用电子申请系统（E-SET）的电子送达服务取得，后续申请人也可使用电子凭证于e网通我的案件服务线上查阅电子证书。
智慧局发行的电子证书，采用易于流通的PDF档案格式，鉴于专利及商标证书是申请人表彰其权利的象征，须具有防伪机制设计，将搭配凭证进行数位签章并于证书上提供QRcode，使用时如有真伪及内容正确性验证需求，只需至智慧局系统上传证书电子档或扫描证书上的QRcode，即可快速检验证书有效性并取得最新权利状态。
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