定序结果，医疗应变组副组长罗一钧表示，上一周定序完成160件，其中有128件是BA.5，占比8成左右，北中南东站比6成6到8成5，居于绝对多数，全国BA.5是主流病毒株，大概占定序件数3分之2以上，剩下20%属BA.2，还没有在这周验到有新的BA.4等，北中较多，不过趋势看来，与其他国家相同，BA.5会持续攀升，BA.2越来越少。
指挥中心医疗应变组副组长罗一钧表示，BA.5目前全国占比80.6%，新增确认是BA.5的儿童脑炎，为8/31曾公布的2岁男童，无慢性病史，也无接种疫苗，于8/27号出现发烧、腹泻症状，做家用快筛显示阳性，隔天出现疲倦、活力食欲下降的情况。
罗一钧说明，这名儿童是8/28到急诊室就诊，高烧达40.6度，也有持续性全身抽搐30分钟，紧急做脑部断层后，发现有脑水肿的情况，怀疑是脑炎，于是在急诊室就给予瑞德西韦、类固醇、免疫球蛋白，以及降脑压药治疗，并于29日转入加护病房治疗，日前已出院。
新增128例BA.5本土个案
新增293例Omicron亚型变异株确定病例，分别为159例本土个案(128例BA.5、31例BA.2)及134例境外移入(3例BA.4、112例BA.5、11例BA.2.75、8例BA.2)。截至目前国内今(2022)年累计检出之Omicron亚型变异株境外移入确定病例：BA.5为915例、BA.4为91例、BA.2.75为27例、BA.2为991例；另累计558例BA.5、4例BA.4、2,482例BA.2本土确定病例，尚无BA.2.75本土确定病例。
指挥中心指出，今日新增之128例BA.5本土个案，占上周所有已定序之159例的80.5%，为53名男性、75名女性，年龄介于未满5岁至90多岁，分布为北部70例、中部32例、南部20例、东部6例，确诊日介于今年8月28日至9月16日。
BA.5已121国通报
指挥中心表示，针对国内境外移入之BA.4、BA.5及BA.2.75个案，为84例男性、50例女性，年龄介于未满5岁至70多岁，入境日介于今年8月26日至9月16日。其中检出BA.4个案分别自越南、美国及澳大利亚(各1例)；BA.5个案分别自越南(33例)，美国(11例)，泰国(9例)，印尼(7例)，马来西亚(6例)，韩国及柬埔寨(各4例)，缅甸、德国、加拿大、新加坡、菲律宾、义大利及日本(各3例)，香港、英国、法国、荷兰及奥地利(各2例)，瑞士、西班牙、葡萄牙、澳大利亚、土耳其、匈牙利及瑞典(各1例)；BA.2.75个案分别自印度(4例)，泰国(2例)，新加坡(2例)，缅甸、印尼及加拿大(各1例)移入。
指挥中心说明，世界卫生组织(WHO)于今年9月21日资料指出，BA.5变异株现为全球主流株，占比为76.6%，另BA.4变异株占比约为7.5%，迄今至少121个国家通报BA.5变异株感染病例，已于欧美及亚太多国广泛传播，造成病例、住院及重症数增加；随病毒持续演化，BA.5变异株分支(BA.5.X)型别及病例数持续增加，其中以BA.5.2、BA.5.2.1为多，需持续追踪监测。依现有研究显示，接种加强剂疫苗对BA.5变异株仍具保护力，且为预防住院、重症及死亡之有效方式，呼吁符合条件对象加速完成接种疫苗。
BA.4及BA.5传染力高
指挥中心强调，依现有研究显示，BA.4及BA.5致重症机率尚无明显增高，但传染力已提高，仍需严密监测。为加强本土个案Omicron BA.4、BA.5等变异株病毒监测，指挥中心已增加本土个案变异株型别检验及定序比例，并著重于COVID-19儿童脑炎等重症及重复感染个案呼吸道样本基因定序作业，另规划以现行呼吸道病毒合约实验室监测网络加强社区中个案之监测。
指挥中心呼吁，接种COVID-19疫苗可降低因感染COVID-19造成之重症、住院或死亡风险。民众仍须落实勤洗手、戴口罩等个人防疫措施，并尽速完成疫苗接种，以获得保护力。
